Высшие и средние учебные заведения (медресе) готовили, в основном, преподавателей (домла), чиновников, судей (кази) и служителей духовенства. Большинство медресе, давших миру в эпоху Восточного Ренессанса выдающихся мыслителей, крупных ученых и поэтов, в колониальный период приходит в упадок: они становятся лишь центрами по подготовке религиозных деятелей и местом поклонения верующих. Возмущенный таким положением дел, один из видных мыслителей, Мирза Бедиль, с горечью писал: «Теперь погас свет в медресе, наступило время безмозглых глупцов».

Многие медресе, возведенные из жженого кирпича, богато украшенные, представляли собой прекрасные памятники восточного зодчества. Обычно они были двухэтажными, с маленькими комнатушками и балкончиком.

При каждом медресе была своя мечеть для совершения молитв, тохаратхона для омовения и учительская. В больших городах были десятки медресе. Так, в Бухаре было до 200 медресе и столько же приходских мечетей, где обучались и проживали муллавачча (студенты) из разных областей, даже из-за рубежа. В трех областях Туркестанского края насчитывалось 11964 приходских мечетей и соответственно столько же имамов при них.

Студенты медресе брали жилье в наем, но могли и сами сдавать его в наем или далее продавать. Студенты имели право выбирать преподавателей, которых в больших медресе было несколько, а в малых – единицы. Например, в Бухаре в медресе Кукалдош был один мударрис (преподаватель), а в медресе Улугбека – несколько. Большинство медресе владели землей (вакф), за счет которой содержались, помимо подаяний. Количество мударрисов часто зависело от дохода, получаемого от вакфа. В южной Фергане макгабы также владели вакфом. В XIX в. половина вакфных земель принадлежала медресе, остальные – различным святым и духовенству.