Ансамбль Регистан был радикально перестроен в XVII веке по приказу Ялангтуш Бахадур Бия. Военноначальник, ловкий политик, правитель крупного феодального удела, энергичный наместник бухарских ханов в Самарканде, он достиг независимого положения в государстве Аштарханидов. Походы на Кабул и другие города сосредоточили в руках Ялангтуша огромные богатства и по его распоряжению на месте разрушившихся сооружений XV века были построены Медресе Шер-Дор и медресе Тилля-Кари. Основание Медресе Шер-Дор на 1,5 м выше уровня площади времени Улугбека. Планировка медресе Шер-Дор составляет 70 × 56 м, двор 38 × 38 м. Композиция двора традициоина: обведен двумя этажами худжр (помещений, где жили обучавшиеся в медресе), четыре айвана, по главному фасаду – две дарсхоны (учебные помещения).

На входном портале Шер-Дора пышные славословия: «Военначальник, полководец справедливый Ялангтуш! Он соорудил такую Мадрасу, что земля доведена им до зенита неба... Когда архитектор точной правильности воздвиг изгиб арки портала, небеса, приняв се за новую луну, прикусили палец удивления». В надписи ниже сохранилось имя мастера: «Абдул Джабар, зодчий». Медресе Шер-Дор задумано архитектором в стиле «кош» (композиция из двух противолежащих зданий). Дублируя архитектурные формы медресе Улугбека, строители Шер-Дора вводят в оформление иные разнообразные мотивы орнамента. Отличие в декоре медресе подчеркивается большой портальной аркой, где на тимпане изображен лев, устремляющийся за ланью, и солнце в форме белого диска с миндалевидными глазами.

От полного разрушения тимпан был спасен реставраторами, закончившими работу в 1962 году. Исследователи собирали декор по мельчайшим фрагментам. Там, где не сохранилась мозаика, фиксировались гнезда от выпавших кусочков, оставшиеся части с одной половины тимпана накладывались на другую так, чтобы рисунок был симметричным. Огромный свод портала, сильно деформированный, заново переложили еще в 1924-1926 годах. Перекладывали свод прославленные усто Абдукадыр Бакиев, усто Акрам, усто Шамсуддин. Разнообразны орнаментальные мотивы в оформлении айванов, тимпанов над входом, арок худжр. В декоре широко применены облицовка из глазурованного кирпича и мозаичные наборы. В целом качество облицовок в медресе Шер-Дор стоит еще высоко. Это, пожалуй, последний в Самарканде памятник, где трудоемкая наборная мозаика применялась в таком изобилии.